１．部直属科研单位（以下简称科研所）实行所（院）长（以下简称所长）负责制以后，所长是事业法人的法定代表人，代表法人行使职权，实行对科研、行政与生产管理的统一指挥，向部和全所职工全面负责。
２．所长在科研、行政、生产等活动中必须坚持四项基本原则，执行党和国家的方针、政策，遵守国家法律、法规，坚持部规定的科研方向，完成部下达的科研任务，执行部的各项决定。
３．所长必须维护国家利益，保护国家财产，正确处理国家、集体、个人三者的利益关系。在经济活动上必须接受审计、财政、税务、工商行政管理部门和国家银行的监督。
４．对重大问题的决策，所长要主动征求党委的意见，争取党委在工作上的帮助与支持，接受党委的监督，并配合党委共同抓好科研所的精神文明建设。
５．所长由部任命或聘任。副所长由所长提名，征求党委意见，报部审批。所长、副所长均实行任期制，任期一般为四年，可以连任。
６．所长在任期内实行任期目标责任制。所长应根据交通运输发展的需要和部规定的科研所的方向任务，结合本所的具体情况，提出本所的长期发展目标和任期责任目标，经所务委员会讨论，报部审批后实施。
要建立各种责任制度，使各级干部都有责有权，充分发挥他们的积极性、主动性和敢于负责、大胆工作的精神。
要建立科学的科研管理体系，实行经济核算，用最佳的效率和效能组织科研业务。
所长的任期责任目标是对所长进行考核、监督和决定可否连任的主要依据之一。具体考核、奖惩办法另行制定。
７．科研所要尊重和发挥科技人员的作用，加强学术委员会在科研业务上的咨询参谋作用和学术活动中的主导地位；加强民主管理，积极试行所务委员会和职工代表大会等民主管理的有效形式和方法，各级干部都要自觉接受党组织和群众的监督。
８．在国家政策、法令和部规定的范围内，科研所有权对本单位的内部事务自主决定：
（１）确定内部机构设置和人员配备，组织人员的合理流动。
（２）制订本单位的各项管理制度、考核制度、奖惩制度，并付诸实施。
（３）在保证完成国家和部下达的各项任务的前提下，面向社会接受委托研究、开展技术咨询和技术服务，在为社会创造财富的活动中取得合理收入。
（４）对于通过各种渠道取得的科研经费和活动资金，在保证完成承接的任务和合同要求的前提下，按照国家的有关规定，自主安排使用。
