但是，灾后城乡住房重建也面临一些矛盾和问题，主要表现在以下几个方面：
一是部分镇乡场镇规划选址存在问题。按照灾后重建规划，原确定全省灾区有26个镇乡需原地异址建设。但在灾后重建的实施过程中，通过各地政府的反复论证，并广泛征询群众意见后，有14个镇乡认为原地原址重建更安全可靠和适合场镇建设发展。省建设厅会同省发展改革委等省直部门组织有关人员和专家实地踏勘论证后，发现仍存在一些问题，有些需投入较大成本治理后才能安全建设。还有个别地方目前无法进行规划选址工作，如青川县马公乡，因受堰塞湖阻碍，仍无法进行前期选址的勘察论证。
二是一些农房重建基础设施不配套和不按规划、设计建设。在相对集中的农村重建安置点，普遍存在农民的房子建起来了，但道路、给排水等设施没有相应配套，城镇基础设施没有向农村延伸，服务设施没有向农村覆盖的问题。部分群众不按规划夹道建设、不按设计要求施工。如：绵阳市安县投入100多万元对夹道建设中存在的问题进行整改；德阳市编制下发了建筑施工图集，但仍有极个别群众不按规定施工，导致在建设过程中出现没圈梁、构造柱等问题。
三是部分地方城镇住房恢复重建工作机制不健全，组织和领导力度不够。有的地方虽建立了城镇住房重建的领导机构和工作机构，但沟通协作不够，效率不高。
一些地方重建主体未落实，如安居住房建设的实施机构，原址重建、受损住房维修加固的组织机构未及时建立，导致各项具体工作难以落实。有的地方对相关政策细化不够，具体措施不到位，导致政策不能落地，难以执行，如多数地方对毁损住房用地的土地价值补偿和置换还没有制定明确的办法和标准，还有一些地方对城镇住房恢复重建的金融信贷支持工作未有效启动，受灾居民维修加固住房和重建住房贷款难。
四是城镇住房恢复重建资金紧张，缺口较大。如都江堰市测算，全市完成城镇住房恢复重建任务需资金100亿元，只落实上海援建10亿元，中央补助10亿元，当地土地置换回收40亿元，缺口40亿元完全要靠当地自筹。城镇住房受灾居民重建和修复加固资金支出较大，负担较重。如据都江堰市测算，重建一套80平方米住房约需20万元，政府户均只补助2.5万元，其余17.5万元要靠受灾群众通过贷款等方式自筹。
五是城镇住房受灾居民利益诉求多样，影响重建和维修加固进程。如绵阳市反映，部分受灾居民要求政府按照拆迁政策补偿因灾受损住房。绵竹市反映，一些有多处住房、不符合领取补助条件的受灾居民要求领取补助，否则不同意拆除危房。德阳市反映，部分居民对修复加固和原址重建的方式、造价或建设标准存在分歧。这些矛盾和问题的出现，导致因灾严重受损住房拆除工作进展缓慢，住房补助资金发放进度慢，影响了恢复重建进程。
二、政策规定
一是关于镇乡场镇规划选址工作。按照国务院《
汶川地震灾后恢复重建条例》和省政府《四川省汶川地震灾后重建规划工作实施方案》（川府发电〔2008〕81号）等相关政策规定要求，全省灾后镇乡选址和规划工作要在2008年底前完成。一些地方受堰塞湖阻碍或地震断裂带、地质灾害等选址影响的乡镇必须加快工作进度。
二是关于农房重建中基础设施配套和规划、建设标准的问题。在灾后农房恢复重建工作中，国家在《
汶川地震灾后恢复重建条例》、《汶川地震灾后恢复重建对口支援方案》（国办发〔2008〕53号）等政策规定中对基础配套设施建设提出了相关的规定和要求；省委、省政府也提出了城乡住房优先、基础设施和公共设施优先等规定和要求。省政府出台了《四川省“5·12”汶川地震灾后农房恢复重建工作方案》（川府发电〔2008〕96号）、《四川省“5·12”汶川地震损坏农房维修加固工作方案》（川府发电〔2008〕124号）、省“5·12”抗震救灾指挥部《关于汶川地震灾后农房重建技术指导工作的实施意见》（川指〔2008〕193号）等规定，对灾后农房重建的工程质量、完成时限等都有相关的政策规定和要求。
三是城镇住房恢复重建的相关政策规定。国务院和省政府已制订出台一系列指导灾后城镇住房恢复重建的政策措施，主要包括《
国务院关于支持汶川地震灾后恢复重建政策措施的意见》（国发〔2008〕21号）、《
国务院关于做好汶川地震灾后恢复重建工作的指导意见》（国发〔2008〕22号）和国家发展改革委等《关于印发汶川地震灾后恢复重建城乡住房建设专项规划的通知》（发改厅〔2008〕2626号）以及省政府《汶川地震灾区城镇受损房屋建筑安全及修复加固拆除实施意见》（省政府令第226号）、《四川省汶川地震灾后城镇住房重建工作方案》（川府发〔2008〕35号）等，明确了城镇住房毁损导致无房可住的城镇受灾家庭可享受资金补助、建房税费减免优惠、房价政策性优惠的补助和信贷扶持等优惠政策及工作措施。
