市建工局和市市政公用局负责所辖轨道交通工程建设质量、安全监督机构履行监督职责情况的监督管理，检查指导在建轨道交通工程参建各方质量安全管理工作。依据有关工程建设质量安全管理的法律、法规和规章，对轨道交通工程参建各方责任主体违规行为予以调查、处罚。参与轨道交通工程建设质量、安全生产事故的调查处理。
市地铁指挥部负责轨道交通工程建设质量安全全过程监督管理与控制。严格按照有关建设工程质量安全管理的法律法规，建立健全质量安全管理机构，认真履行法定基本建设程序，协调解决地铁工程建设过程中质量安全问题，参与事故调查处理。加强应急救援体系建设，完善轨道交通工程建设突发性事故的应急预案，落实救援设备、救援物资，建立应急救援队伍，组织开展应急预案的演练。轨道交通工程建设过程中一旦发生生产质量、安全事故，市地铁指挥部要严格按照《
南京市生产安全事故报告和调查处理规定》（南京市人民政府令第268号）要求迅速上报，并立即采取有效措施，防止事故扩大，避免和减少生命财产损失。
二、强化质量、安全监督机构监管责任，切实加强施工现场监督管理
质量、安全监督机构作为轨道交通工程建设质量安全的监管主体，必须严格按照国家和省市有关质量、安全监督管理的法律、法规、规章和技术标准，认真制定监督方案；并按有关要求，配备监督人员，明确岗位职责，认真履行监督职能，加强监督巡查力度，及时发现问题，及时督促整改。
质量监督机构应重点加强对轨道交通工程建设程序和各方主体的质量行为的检查，对工程实体特殊部位、关键控制点进行监督抽样检测。在发现违法违规、违章作业施工行为时，应及时督促责任主体进行整改，对拒不整改或整改不到位的，要及时上报主管部门。
安全生产监督机构应重点加强对参建各方的安全行为以及对强制性标准的执行情况检查，包括从业人员上岗资格和安全管理人员配备，施工组织设计，专项施工方案的审批程序、专家论证、监理的审核意见，施工现场安全生产责任制及应急预案制定、落实情况，监理单位对安全生产监理工作的职责落实情况等。对管理体系不健全、安全措施不落实、隐患排查治理不到位的施工、监理等单位，应依法责令限期整改，对拒不整改或整改不到位的要及时上报主管部门。
