门诊统筹补偿一般实行当即减免，即由定点医疗机构当场为就诊病人垫付应该补偿的门诊医药费用，垫付的费用由医疗机构与新农合经办机构结算。定点医疗机构在办理参合农民门诊统筹补偿兑付时，应当查验就诊者的《合作医疗证》、当次门诊处方、门诊辅助检查报告单和收费票据，准确核算门诊就诊总费用、可报销费用和实际补偿费用金额，如实填写《新型农村合作医疗门诊统筹补偿登记表》（以下简称《补偿登记表》），并由参合就诊病人签名。参合农民因外出务工、就学以及其它原因在县外医疗机构门诊就诊的费用是否纳入补偿范围，由各县（市、区）根据实际情况确定。
定点医疗机构与新农合经办机构结算时，须提供《补偿登记表》和汇总表、收费票据、新农合门诊统筹专用二联处方（结算联）、专用二联检查报告单（结算联）等材料，向新农合经办机构申报资金。村级定点医疗机构由所在乡镇新农合监管人员办理申请补偿手续，审核合格的，集中上报县级新农合经办机构复核，并按复核结果向县级财政部门申请拨付资金，财政部门审核确认后，办理支付手续。
县级新农合管理经办机构统一印制《补偿登记表》、新农合门诊统筹专用二联处方和专用二联检查报告单（带编号，并设病人签名栏）。《补偿登记表》基本信息应包括以下内容：患者合作医疗就诊证号、姓名、性别、年龄、住址（村民小组）、就诊日期、初步诊断、当次门诊费用（其中，药品费用）、门诊补偿金额、处方号、发票号、患者联系电话。
四、门诊统筹定点资格管理
采取医疗机构自愿申报、县级新农合管理经办机构考核评估、县级卫生行政部门审批发证的办法，确定医疗机构的门诊统筹定点资格，并由县级合作医疗管理经办机构与定点医疗机构签订门诊服务协议。参合农民在未定点的医疗机构发生的门诊费用不予报销。已经获批成为新农合定点医疗的乡镇卫生院，可直接确定为门诊统筹定点医疗机构。村卫生室申请门诊统筹定点医疗机构应当符合以下条件：
1、取得《医疗机构执业许可证》；
2、医务人员具有相应的执业资格；
3、房屋和诊疗设施达到《河南省村卫生室基本标准》；
4、看病、收费有登记，门诊诊疗信息记录规范；
5、内部管理制度达到相应的要求；
6、自觉执行新农合相关政策规定；
