以居民健康管理、医院管理和电子病历为重点，加快医疗卫生信息化建设，制定实施《沈阳市医疗卫生信息化建设规划》，2010年底前，建立市级医疗卫生信息化基础平台。整合全市公共卫生、医疗服务、新型农村合作医疗等信息资源，理顺卫生信息化管理体制，促进公共医疗服务信息资源共享、合理利用。
（十八）逐步改革公立医院补偿机制。在推进公立医院改革的同时，加大政府对公立医院的投入，政府负责公立医院基本建设和设备购置、扶持重点学科发展、符合国家规定的离退休人员费用和政策性亏损补偿等，对公立医院承担的公共卫生任务给予专项补助。对中医院（民族医院）、传染病医院、职业病防治院、精神病医院、妇产医院和儿童医院等在投入政策上予以倾斜。政府对指定的紧急救治、援外、支农、支边等卫生服务经费予以保障。严格控制公立医院建设规模、标准和贷款行为。
积极探索推进医药分开，逐步取消药品加成。医院由此减少的收入或形成的亏损通过增设药事服务费、调整部分技术服务收费标准和增加政府投入等途径解决。药事服务费纳入基本医疗保险报销范围。积极探索医药分开的多种有效途径。适当提高医疗技术服务价格，降低药品、医用耗材和大型设备检查价格。定期开展医疗服务成本测算，科学考评医疗服务效率。
（十九）加快形成多元办医格局。积极促进非公立医疗卫生机构发展，形成投资主体多元化、投资方式多样化的办医体制。鼓励社会资本参与公立医疗机构改革，兴办医疗机构。社会资本举办的非营利性医院在服务准入、医保定点、科研立项和继续教育等方面，与公立医院享受同等待遇。2009年，以市属医院、厂企医院和区属二级甲等医院为重点，研究制定公立医院改革试点方案；2010年，根据国家、省公立医院改革的有关要求，适时启动改革试点，并逐步扩大试点范围。
六、保障措施
（二十）加强组织领导。成立沈阳市深化医药卫生体制改革领导小组，统筹组织医药卫生体制改革工作。各区、县（市）政府也要成立相应机构，加强对医改工作的领导。市直各有关部门要认真履行职责，按照实施方案中确定的任务、目标，积极、稳妥、有序地组织实施。要加强医药卫生体制改革的组织和协调工作，加强调查研究，及时出台配套文件，解决改革推进的各种问题。
（二十一）加强财力保障。各级财政部门要认真落实本方案的要求，积极调整财政支出结构，保证改革所需资金，保证政府卫生投入增长幅度逐年增长，并高于经常性财政支出增长幅度。为了实现医药卫生体制改革目标，根据初步测算，2009-2011年，市、区两级政府需新增投入20亿元。其中市级政府投入15.9亿元，区、县（市）级政府投入4.1亿元。
