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1.国家级
卫生部负责制定项目方案、提出工作目标和要求，对各地项目执行情况进行指导和监督，定期了解情况，研究、探讨项目执行工作中出现的问题，确保各项工作要求有效落实。
2.自治区级
自治区卫生厅负责全区项目的组织、协调、管理与监督指导。按照卫生部方案制定自治区实施方案，负责落实项目配套资金，组织成立项目监督指导组；制定项目执行与管理制度和规范；组织开展项目活动；实施项目资金管理和监督评估，确保项目实施的进度和质量；定期向卫生部上报项目执行情况和相关数据。
3.盟市级
各盟市卫生局、妇女儿童工作委员会、财政局负责项目的组织实施、监督管理与技术指导。卫生局负责本地区项目的组织管理工作。指定医疗保健机构、专人负责辖区内的项目执行与管理工作，包括健康教育、人员培训、药品发放和管理、信息收集整理与报告、监督指导和考核评估等工作。组织成立项目领导小组和专家技术指导组；制定本地区项目实施方案或计划；协调落实项目配套资金，至少为本级提供项目工作会议，项目信息收集管理与质量检查、信息统计管理体系建设，项目监督指导、管理和技术人员培训、健康教育等活动资金10万元，为每个旗县提供监督指导工作资金至少2万元；落实项目工作制度和规范；实施项目资金管理和监督评估；向卫生厅报告项目实施情况和有关数据。
4.旗县级
各旗县卫生局、妇女儿童工作委员会、财政局负责项目的组织实施、监督管理与技术指导。落实项目配套资金，补足项目工作会议，项目信息收集管理与质量检查、信息统计管理体系建设，项目监督指导，管理和技术人员培训，开展健康教育，建立奖励激励机制等工作经费。成立项目领导小组和专家技术指导组。旗县级卫生局负责组织开展项目活动，落实项目工作任务。根据自治区和盟市要求制定本地区项目实施计划；组织协调有关部门和医疗保健机构负责实施项目活动；认真执行项目工作制度和规范；实施项目资金管理和监督评估；定期向盟市卫生局报告项目实施情况和有关数据。
（二）资金管理
1.严格执行国家和自治区卫生事业专项资金管理办法有关规定，加强项目经费管理，提高资金使用效益。
2.根据卫生部财政部要求，项目经费实行项目管理，设立支出明细账目，专款专用，不得挪用或改变专项资金的性质和用途，不得用于与本项目无关的其他支出。
3.各盟市、旗县财政部门要在收到自治区项目资金15个工作日内给同级或下级项目执行单位下达专项资金。卫生局要根据项目工作任务落实和组织方式的实际需要，给妇幼保健机构和基层等项目实施机构及时拨付项目活动经费，确保项目活动的及时、顺利实施。项目完成后，各盟市卫生、财政部门要按时将项目资金使用情况报告报送卫生厅和财政厅。
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