省市联合基金由省基金委和联合资助方的市州科技局按比例共同拨付：重点项目按项目一次性核定，分三年滚动拨付；一般项目一次性核定一次拨付。
省基金办会同项目依托单位将不定期检查项目的进展情况，工作进展不正常或经费使用不当的，将减少或暂停拨款，以至撤消资助。不按规定提交项目研究进展报告的，暂不拨款。因故中止计划实施和撤销的资助项目，停止拨款。
第十二条 有多个合作单位的资助项目，由项目依托单位依据与项目合作单位签订的合作协议转拨，合作单位不得再收取管理费。
第五章 管理与监督
第十三条 项目依托单位须指定专门帐号，按项目单独建帐，专款专用，按照本办法进行管理核算。
第十四条 项目依托单位原则上应按一定比例对资助项目给予配套经费。
第十五条 省自科基金项目经费的使用、管理，要方便科研，有利于发挥科研人员的积极性、主动性。项目负责人在依托单位财务和自科基金项目管理部门的指导下，按计划自主支配使用资助经费，任何单位、个人无权截留、挪用。计划内的支出，均由项目负责人审签。
第十六条 项目依托单位应指定专人负责省自科基金财务工作。对不按要求进行财务管理的单位，省基金委将视情况给予必要的处理。合作者所在单位，应按规定向项目依托单位提供财务报表。
第十七条 项目一经批准，不得无故中止。承担省自科基金项目负责人必须相对稳定，因特殊原因调动工作，又需把资助项目带到省内新单位继续开展研究的，应写出书面报告，征得调出、调入单位同意并签署意见，经省基金办同意后，可将结余经费划拨到新单位继续使用。
第十八条 项目验收、结题或因故中止或撤销后，项目负责人应会同财务部门及时清理帐目与资产，如实编制项目经费决算。项目经费决算经依托单位科研管理部门、财务部门、审计部门审核并签署意见后，报省基金办。
有多个单位共同承担一个项目的，各承担单位的项目负责人应及时编制项目经费决算。项目经费决算经依托单位科研管理部门、财务部门、审计部门审核并签署意见后，报依托单位项目负责人。依托单位项目负责人应汇总决算报省基金办。
第十九条 依托单位应将编制的年度省自科基金项目经费收支决算，于每年1月15日前，与项目年度进展报告一并报送省基金办。
第二十条 在研项目的年度经费结余，结转下一年度按规定继续使用。项目验收、结题后的经费结余，原则上由依托单位留用，继续用于支持基础研究支出。
省自科基金项目因故终止实施，依托单位应在接到通知后三个月内，将经费结余退回省基金委。因故被撤销原资助的项目，依托单位应在接到通知后三个月内，将已收到的基金项目经费全部退回省基金办。
