（二十一）经济合作处
组织拟订经济合作发展规划；拟订经济技术合作、产业转移的政策措施并协调实施；负责云南省参与经济合作项目的筛选、推荐工作，提出有关引导性资金的使用建议；负责参与国际区域经济合作项目的协调指导工作，拟订参与国际区域经济合作的中长期规划和具体政策措施。
（二十二）联络处
负责向国家发展和改革委员会及有关部委联系汇报、项目申报的协调服务、跟踪落实；负责收集和整理经济社会发展改革工作信息资料。
（二十三）交通战备办公室
组织编制交通战备规划、计划；研究交通战备与交通建设的关系，协调有关重大问题；组织实施交通战备有关工作；负责云南省国防动员委员会交通战备办公室的具体工作。
（二十四）国民经济动员办公室（云南省战区善后恢复建设工作办公室）
组织拟订国民经济动员规划、计划；研究国民经济动员与国民经济、国防建设的关系，协调有关重大问题；组织实施国民经济动员有关工作；协调国民经济平战转换能力建设；负责战区善后恢复建设工作；管理解决战区遗留问题项目。
（二十五）重点项目稽察特派员办公室
组织开展对重点项目的稽察；跟踪检查有关行业和州（市）贯彻执行国家投资政策和规定情况；组织开展对省级财政性建设资金投资安排实施情况的监督和检查；对违规问题，负责按照国家有关规定提出处理意见。
（二十六）民航办公室
组织研究民航重大课题和发展规划并提出政策建议，负责机场安全运营、项目建设的指导、协调和监督工作，负责云南省民航工作领导小组办公室、云南省机场应急救援领导小组办公室和昆明新机场建设联合协调领导小组办公室的具体工作。
（二十七）铁路办公室
组织研究铁路重大课题和发展规划并提出政策建议，负责铁路安全运营、项目建设的指导、协调和监督工作，负责云南省铁路领导小组办公室的具体工作。
（二十八）人事处
负责机关及直属单位的机构编制、人事工作；负责干部培训教育工作；负责日常外事工作。
机关党委
负责机关和直属单位的党群工作。
离退休人员办公室
负责机关和直属单位的离退休人员工作。
四、人员编制
云南省发展和改革委员会机关行政编制239名（含离退休工作人员编制7名）。其中，主任1名（正厅级）、副主任6名（副厅级）、重点项目稽察特派员8名（副厅级），正处级领导职数38名（含机关党委专职副书记1名、离退休人员办公室主任1名、重点项目稽察特派员助理8名）、副处级领导职数40名（含离退休人员办公室副主任1名）。
