1．资金清算顺序
国库集中支付业务应按照“先支付、后清算”的原则进行。
对于财政直接支付，由商业银行先通过财政部门零余额账户支付，当日业务截止后，再与代理支库国库单一账户进行清算。
对于财政授权支付，由代理银行先通过预算单位零余额账户进行支付，当日业务截止后，由代理银行对已垫付的资金申请与代理支库国库单一账户进行清算。
2．财政授权支付资金支付和清算实行额度与指令双线控制
预算单位用款额度由区（县）财政部门每月定期送代理支库和代理银行，代理银行在1个工作日内打印额度到账通知单交预算单位。预算单位申请办理授权支付的指令信息，由区（县）财政部门发送至代理支库，再由代理支库同步转发至各代理银行。当代理银行申请清算资金时，代理支库核销授权支付指令与额度信息，若指令不一致或额度不足，则拒绝清算。当日来不及清算的代理银行垫付资金，由区（县）财政部门按季结算，并根据银行单位活期存款利率支付利息。
三、信息系统和网络传输方面
（一）信息系统
各区（县）财政局尚未建立起成熟的国库单一账户应用系统，可免费使用市财政局已开发应用的成熟软件，并由市财政局提供统一的升级维护。系统使用过程中涉及的推广、应用、实施和年度维护等费用由各区（县）财政局承担。
（二）网络传输
1．财政资金支付指令信息的传输均实行“先纵后横”方式。即各区（县）财政部门将信息通过财政内部网络系统传输到市财政局，市财政局通过“上海城市金融网”传送到中国人民银行上海分行（以下简称“人民银行”），由人民银行将信息发送到代理支库，再由代理支库传送到代理银行。
2．区（县）国库集中支付业务应通过政务外网实现国库单一账户管理。所有参与单位在网络上传送财政资金支付指令、资金清算等所有信息文件都必须进行加密处理，并对所发送信息的真实性、准确性、完整性、安全性负责。
四、强化财政、国库、商业银行和代理银行对账机制
为确保国库资金的安全与完整，区（县）财政部门、代理支库、商业银行和代理银行应加强相互对账工作。
一是实行日对账。代理支库、商业银行与区（县）财政部门每日核对国库单一账户、财政部门零余额账户的借贷方发生额和余额；代理支库、商业银行与区（县）财政部门每日核对财政直接支付明细；代理支库、代理银行与区（县）财政部门之间每日核对预算单位零余额账户授权支付明细。
