第二章 立案
第六条 有下列情形之一的，水行政处罚机关应予以立案：
（一）检查中发现违反水法律法规行为，依法应当立案查处的；
（二）经举报、投诉的违反水法律法规行为，查明情况属实，依法应当立案查处的；
（三）上级主管机关交办、下级水行政主管部门报送和相关行政机关移送的违反水法律法规行为，经审查依法应当立案查处的；
（四）其它违反水法律法规依法应当立案查处的行为。
第七条 水行政执法人员审查后认为需要立案的，应当填写立案审批表，经业务机构审核后，报水行政处罚机关批准立案。
第八条 违法事实清楚、证据确凿并有法定依据，对公民处以五十元以下、对法人或者其他组织处以一千元以下罚款或者警告的，可以不立案，当场作出水行政处罚决定。
第三章 调查
第九条 对立案查处的案件，水行政处罚机关应当作出《责令停止违法行为通知书》，责令当事人改正或者限期改正违法行为，同时指派两名以上水行政执法人员进行调查取证。
第十条 调查人员与本案有直接利害关系的，应当回避。
被调查人认为调查人员与本案有直接利害关系的，可以向水行政处罚机关申请其回避；是否回避，由水行政处罚机关决定。
第十一条 水行政执法人员依法调查案件，应当遵守下列程序：
（一）向被调查人出示行政执法证件；
（二）告知被调查人要调查的范围或者事项；
（三）进行调查（包括询问当事人、证人、进行现场勘验、检查、收集相关证据等）；
（四）制作调查笔录，笔录由被调查人核对后签名或者盖章。被调查人拒绝签名或者盖章的，应当有两名以上水行政执法人员在笔录上注明情况并签名。
第十二条 水行政执法人员收集证据时，可以采取抽样取证的方法。在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经水行政处罚机关负责人批准，可以先行登记保存。
