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宣传部：负责组织新闻媒体，正确把握舆论导向，大力宣传国家、省、市有关防控政策，宣传县委、县人民政府的科学决策和工作部署，宣传甲型H1N1流感防控知识。协调卫生等部门按照有关要求及时发布我县甲型H1N1流感疫情的相关信息及处置工作进展情况，加强舆情管理和引导。
教育和科技局：负责指挥、协调、管理各学校甲型H1N1流感防控工作，制定相应的应急预案，指导各学校做好甲型H1N1流感防控工作，开展防控工作的督导检查；协助卫生、疾控部门处置区域内中小学校、幼儿园发生的甲型H1N1流感疫情。
经贸局：负责生猪屠宰活动的监督和管理，严格执行检验检疫制度，保证猪肉的质量安全；组织生活必需品的市场供应，维护市场秩序。防护物资的生产、采购和供应工作。
公安局：密切注视与疫情有关的社会动态，依法、及时、妥善地处置与疫情有关的突发事件，查处打击违法犯罪活动，维护社会稳定；协助封锁可疑区域，做好封锁区的治安管理工作；做好交通疏导，保障甲型H1N1流感疫情应急处置车辆、人员迅速抵达现场；协助卫生部门对不配合隔离治疗和医学观察的病人和密切接触者，依法落实强制隔离措施；做好互联网舆情监控，维护社会稳定。
财政局：负责安排甲型H1N1流感疫情应急处置所需经费，做好经费使用的监督管理工作。
交通局：协助卫生行政部门对乘坐公路、水路交通工具的人员进行检疫、查验工作，防止甲型H1N1流感通过交通运输环节传播；做好疫区的公路、水路交通管理工作，确保甲型H1N1流感疫情处置人员、防治药品、器械等应急物资和有关标本的运送通道畅通。
畜牧局：负责动物疫病的防控工作，开展对与人类接触密切的动物流感的监测和管理工作；及时向县卫生局通报动物流感疫情信息。
旅游局：组织旅游行业认真做好甲型H1N1流感疫情的预防和应急处理工作；加强国际、国内旅游业防控疫情信息沟通，主动了解疫情发生地情况，及时公布相关信息，发布旅游警示及对旅游采取限制措施；在甲型H1N1流感疫情发生期间，组织做好旅游团队及人员的宣传、登记、观察工作，严格旅游团队档案管理，建立严格的甲型H1N1流感报告制度，防止甲型H1N1流感在旅游团队中发生和通过旅游活动跨地区传播扩散。
政府应急办：负责甲型H1N1流感应对处置的值守报告工作，完成自治县人民政府领导及自治县领导小组交办的各项工作任务。
工商局：负责食品流通领域的市场监管，打击销售病死猪肉和未检疫猪肉等违法行为，维持正常市场秩序。
食品药品监督管理局：负责甲型H1N1流感疫情应急处理药品、医疗设备和器械的质量监督和管理。
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