基层医疗卫生机构的收支结余要按规定留用或上缴。具备条件的区可以实行收支两条线管理，基本医疗服务等收入全额上缴财政，开展基本医疗和公共卫生服务所需的经常性支出由政府核定并根据考核结果安排。
各区财政、卫生部门要会同有关部门根据政府卫生投入政策，结合本区实际制定基层医疗卫生机构经常性收支核定和差额补助的具体办法，并报市深化医药卫生体制改革领导小组办公室、市财政局、市卫生局备案。
三、大力推进基层医疗卫生机构综合改革
（一）明确基层医疗卫生机构的功能定位。
基层医疗卫生机构主要提供基本公共卫生服务和基本医疗服务，其诊疗科目、床位数量、科室设置、人员配备、基础设施建设和设备配备要与其功能定位相适应。市卫生局要根据国家、省的要求和我市实际明确基层医疗卫生机构的功能和服务范围。对服务能力已经超出基本医疗服务和公共卫生服务的基层医疗卫生机构，特别是一些服务人口较多、服务能力已经达到二级医院标准的乡镇卫生院，可将其转为二级医院（其转为二级医院后应在当地设立相应的基层医疗卫生机构），或将其超出功能定位的资源整合到区级医院；也可以对其承担的基本医疗服务和公共卫生服务采取购买服务的方式进行补偿。引导和鼓励基层医疗卫生机构提供中医药等适宜技术和服务。
（二）完善基层医疗卫生机构人事分配制度。
基层医疗卫生机构总编制以各区为单位核定，由区级机构编制部门会同卫生部门结合常住人口及实际工作量统筹安排、动态调整各基层医疗卫生机构的人员编制。要在核定编制的基础上，指导基层医疗卫生机构实行以公开竞争聘用制度和岗位设置管理制度改革为主要内容的人事制度改革。各区要研究制定相关政策，妥善安置未聘人员，相关费用由区政府按国家有关规定统筹解决。同时，要将实施基本药物制度的基层医疗卫生机构的绩效工资制度同步落实到位。
（三）充分发挥医保对基层医疗卫生机构综合改革的促进作用。
依托城乡基层医疗卫生机构，将一般诊疗费纳入基本医保门诊统筹支付范围，进一步引导群众到基层医疗卫生机构看病就医，引导基层医疗卫生机构主动开展服务，努力提高服务质量，合理控制服务成本。
（四）建立基层医疗卫生机构考核和激励机制。
各区卫生部门要会同有关部门制定基层医疗卫生机构绩效考核办法，根据管理绩效、基本医疗和公共卫生服务的数量和质量、服务对象满意度、居民健康状况改善等指标对基层医疗卫生机构进行综合量化考核，并将考核结果与财政资金安排和拨付、基层机构领导人员聘任挂钩。各区对绩效考核差的扣减财政补助事业费，对绩效考核优秀的予以适当奖励。
（五）充分调动医务人员积极性。
