（一）办公室
　　负责机关文电、会务、信息、机要、档案、安全、保密、信访、接待以及后勤保障、政务协调、政务公开、督查督办、绩效管理等工作；牵头办理人大代表建议、政协提案工作；负责局机关内部规章制度建设；负责机关行政效能建设工作。
　　（二）规划与建设科
　　拟订水务战略规划，组织编制重大水务综合规划、专业规划和专项规划；审核重大水务建设项目的项目建议书和可行性研究报告；负责水务工程建设项目合规性审查；审核重要水务工程的初步设计；负责对水务建设工程项目招标投标活动的监督管理；指导水务工程建设的管理和验收；指导水务建设市场的监督管理；组织实施水务工程建设的监督，组织开展水务行业质量监督管理；负责全市河道和河道采砂的管理工作；指导农村水能资源开发工作。
　　（三）水政水资源管理科
　　拟订水务行业规范性文件并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护和城市供水的水源规划工作；统一管理水资源，组织实施水资源有偿使用制度；组织水资源调查、评价和监测工作；拟订水量分配、水功能区划和水资源调度方案并监督实施；指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作；实施应急水量调度，审核重要水功能区水域纳污能力，提出限制排污总量的建议；指导、监督入河排污口设置工作；指导全市水政监察及普法工作；承办行政调解、行政复议、行政应诉工作；负责计划用水和节约用水工作。
　　（四）农村水利管理科
　　拟订并实施全市农村水利政策和发展规划；指导农田水利基本建设，处理全市农田水利基本建设事宜；指导农村水利社会化服务体系建设；组织、指导农村饮水安全、农田灌溉与排水等工程建设与管理工作；组织、指导已建成水利工程的运行管理和除险加固工作。
　　（五）水土保持科
　　编制水土保持规划并监督实施；承担水土流失综合防治工作；组织水土流失监测工作；负责全市水土保持预防监督管理工作。
　　（六）水产管理科
　　拟订渔业资源保护和利用规划；负责全市渔业生产，指导水产品加工、流通和市场建设；负责水产品质量安全管理和水生动物的防疫、境内检疫工作以及渔药、渔饲料使用环节的监督检查；负责水生生物自然保护区和水产种植资源保护区管理；实施渔业环境监管；负责渔船管理，指导渔业安全生产工作。
　　（七）供排水管理科
　　拟订城市供水规划、生活污水处理设施及配套截污主干管规划；负责城市供水企业的资质管理；负责城市供排水和生活污水处理价格测算的组织工作；负责城市供水设施、生活污水处理设施及配套截污主干管设施的维护、使用和管理工作；牵头组织污水处理费征收工作；负责城区排水设施的维护、改造和管理工作；负责排水基础设施使用和安全情况的监督检查。

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