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组织拟订全市卫生人才发展规划；会同有关部门推进卫生人事分配制度改革；承担局机关和下属单位的组织人事、机构编制管理工作；负责相关专业技术职务评聘管理；承办援外、出国事务；负责本系统人武部工作；指导全系统思想政治工作、精神文明建设、职业道德教育、行风建设和纠风工作；负责本系统安全生产工作；负责局机关离退休人员的管理和服务工作，指导下属单位离退休人员的管理和服务工作。
（三）规划财务与审计处
拟订全市卫生事业发展中长期规划；编制区域卫生规划，统筹规划与协调全市卫生资源配置，负责全系统医用装备的配置管理；研究提出卫生投入政策的措施和建议，配合开展全市医药卫生体制改革；指导、监督基本药物制度的实施，拟订并组织实施药品和医疗器械采购相关规范；编制市级卫生事业经费年度预决算，管理和监督本部门卫生事业经费、财务、基本建设、国有资产，指导全系统财务管理；配合有关部门拟订医疗卫生服务价格，对全市医疗卫生服务价格的管理进行指导和监督；负责局下属单位的审计工作，指导全系统开展内部审计；指导卫生统计工作。
（四）卫生监督处（挂“行政审批管理处”牌子）
拟订全市卫生监督执法工作规划，负责卫生行政执法工作；监督管理职业卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、学校卫生、放射卫生，以及消毒产品、涉水产品等健康相关产品；监督医疗服务市场、传染病防治工作；组织查处违反卫生法律法规行为；监督、协调和管理本部门的行政审批（含许可）工作。
食品安全综合协调处（与卫生监督处合署办公）
拟订食品安全管理工作规划；综合协调食品安全，组织查处食品安全重大事故，组织开展食品安全风险监测与评估，收集和发布食品安全信息。承担市食品安全委员会办公室的日常工作。
（五）疾病预防控制处（挂“湖州市公共卫生应急办公室”牌子）
拟订并实施全市疾病预防控制规划，管理全市传染病、慢性病、地方病、职业病防控和实施国家扩大免疫规划工作；管理和指导医疗卫生机构开展传染病、慢性病、死因等的综合监测、网络直报和统计分析工作；管理和指导医疗卫生机构依法开展疾病预防控制服务。建立健全全市公共卫生应急指挥系统，拟订突发公共卫生事件应急预案，并组织相关培训和演练，开展突发公共卫生事件监测、预警和风险评估，会同相关部门协调全市应急处置突发公共卫生事件。
（六）基层卫生与妇幼保健处
拟订并组织实施全市农村卫生、社区卫生、妇幼卫生、新型农村合作医疗等发展规划；建设和管理城乡基层医疗卫生服务体系；监督、指导基层贯彻落实卫生政策；指导推进农村和城市社区卫生体制改革；指导开展基层公共卫生服务和基本医疗服务工作；负责、指导全市乡村医生的管理；综合管理全市新型农村合作医疗，承担市合作医疗管理委员会办公室的日常工作。监督管理妇女保健、儿童保健工作；组织对开展生殖健康和计划生育技术服务的医疗保健机构进行业务指导和监督管理；牵头组织预防和减少出生缺陷和先天残疾工作。
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