（三）监督管理科
承担权限内的规划环境影响评价、政策环境影响评价工作；承担建设项目的环境影响评价文件和项目审批工作；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作；负责本局行政审批事项。
（四）污染防治科
负责组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治法规、规章和起草有关地方规范性文件；拟订有关污染防治规划并组织实施；组织协调全市重大环境污染事故和生态破坏事件的应急和调查处理；协调处理跨县（区）环境污染事故和纠纷；监督管理饮用水源地环境保护工作；组织实施排污申报登记、跨县（区）界河流断面水质考核等环境管理制度；参与反生物、反化学恐怖袭击工作；负责核安全、辐射环境安全、放射性废物的监督管理；参与核事故、辐射环境事故的应急和调查处理；对核设施安全、放射源安全、放射性废物和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实施监督管理；承担核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿物资源开发利用项目日常监管工作；参与反核与辐射恐怖袭击工作。
（五）自然生态与农村环境保护科
组织编制生态保护规划；提出国家级、自治区级和市级自然保护区新建和调整的申报或审批建议；组织开展生态环境质量状况评估和生物多样性保护、生物物种（含遗传资源）、农村生态环境保护工作；监督生物环境技术环境安全；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动和生态破坏恢复工作；指导、协调、监督各种类型自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；指导生态示范创建与生态农业建设；承担百色生态市建设领导小组办公室的日常工作。
（六）污染物排放总量控制科
负责组织和协调实施主要污染物减排工作；组织制定主要污染物总量排放控制和排污许可控制制度并监督实施，负责水污染物、大气污染物排放许可证核发；负责主要污染物总量减排核查核算，承担环境保护目标责任考核工作；负责统计和测算全市污染物减排完成情况；负责承担污染源普查工作。
四、人员编制
市环境保护局行政编制16名，后勤服务编制2名。其中：局长1名，副局长3名，总工程师1名；科级领导职数7名。
党组、纪检领导职位按有关规定设置。
