温州市人民政府设立温州市人民政府防汛防旱指挥部（以下简称市防汛指挥部），市防汛指挥部下设城市防台防洪分指挥部、水上防台分指挥部、地质灾害应急防治分指挥部和监测预警中心；县（市、区）人民政府设立县（市、区）人民政府防汛防旱指挥部（以下简称县〔市、区〕防汛指挥部）。
2.1.1市防汛指挥部
市防汛指挥部由市人民政府分管领导任指挥，市水利局局长任常务副指挥，温州军分区首长、市委和市政府有关副秘书长及市水利局分管副局长任副指挥，市委宣传部、市发改委、市经信委、市教育局、市公安局、市监察局、市民政局、市财政局、市国土资源局、市规划局、市住建委、市交通运输局、市农业局、市卫生局、市国资委、市环保局、市安全监管局、市城管与执法局、市林业局、市海洋与渔业局、市旅游局、市粮食局、市机关事务管理局、市瓯江口新区管委会、温州经济技术开发区管委会、温州生态园管委会、温州广电传媒集团、温州日报报业集团、市供销社、温州海事局、市气象局、温州海洋环境监测中心站、温州电力局、市各财保公司、电信温州分公司、移动温州分公司、浙江金温铁道开发公司等单位负责人和海军91765部队、市武警支队、市消防支队、温州预备役团的首长为指挥部成员。市防汛指挥部下设办公室（以下简称市防汛办），市防汛指挥部负责日常工作的副指挥兼办公室主任。
2.1.2城市防台防洪分指挥部
城市防台防洪分指挥部由市人民政府分管城市建设与管理工作的副市长任指挥，市城管与执法局局长任常务副指挥，市人民政府联系城市建设与管理工作的副秘书长、鹿城区、龙湾区、瓯海区分管城市建设工作的副区长任副指挥，市公安局、市住建委、市水利局、市城管与执法局、温州电力局、温州经济技术开发区管委会、市瓯江口新区管委会、温州生态园管委会、市温瑞塘河管委会、市城投集团、市公用集团分管领导为成员。分指挥部下设办公室，市城管与执法局分管领导兼任办公室主任。
2.1.3水上防台分指挥部
水上防台分指挥部由市人民政府分管交通工作的副市长任指挥，温州海事局局长任常务副指挥，市人民政府联系交通工作的副秘书长任副指挥，市公安局、温州海事局、市港航管理局、市海洋与渔业局、海警二大队、温州航标处、东海救助局温州基地、温州港集团、温州海运集团公司等单位分管领导和海军91765部队首长为成员。分指挥部下设办公室，温州海事局分管领导兼任办公室主任。
2.1.4地质灾害应急防治分指挥部
地质灾害应急防治分指挥部由市人民政府分管国土资源工作的副市长任指挥，市国土资源局局长任常务副指挥、市人民政府联系国土资源工作的副秘书长、市民政局分管副局长任副指挥。市国土资源局、市交通运输局、市住建委、市水利局、市旅游局、市卫生局、市气象局、市科技局、市农业局、市发改委、市武警支队、市公安局、市财政局、市安全监管局、温州电力局、市教育局、市环保局、电信温州分公司等有关单位分管领导为成员。分指挥部下设办公室，市国土资源局分管副局长兼任办公室主任。
2.1.5监测预警中心
监测预警中心由市气象局局长任主任，市气象局、市国土资源局、市海洋与渔业局、温州海事局、温州海洋环境监测中心站、市经信委、温州广电传媒集团、温州日报报业集团、电信温州分公司、移动温州分公司、联通温州分公司、市水文站等单位相关负责人为成员。
2.1.6县（市、区）防汛指挥部
县（市、区）防汛指挥部由本级政府和有关部门、当地驻军、人民武装部负责人等组成。
2.2 工作职责
2.2.1市防汛指挥部职责
组织防汛防台抗旱知识与法律、法规、政策的宣传和防汛防台抗旱的定期演练；在上级人民政府防汛防台抗旱指挥机构和本级人民政府的领导下，具体负责指挥、协调本地区的防汛防台抗旱与抢险救灾工作；组织编制并实施防汛防台抗旱预案，审定和批准洪水调度方案和抗旱应急供水方案；组织开展防汛防台抗旱检查，督促有关部门、单位及时处理涉及防汛防台抗旱安全的有关问题；组织会商本地区的汛情、旱情；负责本地区的江河、水库、水闸等洪水调度和抗旱应急供水调度；组织指导监督防汛防台抗旱物资的储备、管理和调用；负责发布和解除紧急防汛期、非常抗旱期；法律、法规和规章规定的其他职责。
2.2.2城市防台防洪分指挥部职责
负责温州市区城市防台防洪工作，落实上级防汛工作的部署及下达的任务，制定修编分指挥部防台防洪预案，组织协调分指挥部成员单位开展防汛防台工作。
2.2.3水上防台分指挥部职责
负责水上船只、人员防台抢险救灾组织工作，落实上级防汛工作的部署及下达的任务，制定修编分指挥部防台防洪预案，组织协调分指挥部成员单位开展防汛防台工作。
2.2.4地质灾害应急防治分指挥部职责
贯彻落实市委、市政府和市防汛指挥部有关地质灾害应急抢险指示精神，组织领导、指挥、协调全市范围内中型地质灾害应急防治与抢险救灾工作；部署和组织跨部门、跨地区的紧急救援；协调市武警支队参与地方地质灾害抢险救灾；处理其它有关地质灾害应急防治与救灾的重要工作。
2.2.5监测预警中心职责
负责台风、大潮、暴雨、洪水、地质灾害、干旱等灾害的监测和预报；建立统一预警发布平台，制定预警发布标准，及时向社会公开发布预警信息；及时向上级领导机关、市防汛指挥部、分指挥部、相关成员单位和县（市、区）防汛指挥部报送监测预报预警信息。
2.2.6成员单位职责
市委宣传部：负责做好防汛防台抗旱宣传报道的组织协调和监督管理工作。
市发改委：组织实施市“十二五”规划纲要中提出的有关防灾减灾体系建设及任务，负责编制防洪抗灾基础设施建设项目计划，做好提高防洪抗灾、减灾能力的项目建设和申报服务工作。负责本系统防汛防台抗旱抢险救灾工作。
