一是明确功能定位原则。建立分工协作的医疗机构要明确各自的功能定位及职责分工，严格界定医疗机构诊疗范围，依法执业。
二是因地制宜原则。公立医院与基层医疗卫生机构建立分工协作机制应充分考虑医疗机构地域分布、业务关系、合作意愿，以优化医疗资源配置为基础，合理统筹城乡医疗服务网络。
三是适当竞争原则。每个公立医院建立的分工协作群组之间应保持医疗服务能力的相对均衡，促进形成适当的竞争关系。鼓励民办大型医院参与协作机制建设。
四是充分调动医务人员积极性原则。建立医疗机构之间分工协作机制，要充分调动广大医务人员的积极性，完善各项考核奖惩激励机制，加快卫生技术人才培养。
二、探索分工协作机制的有效形式
3、大力发展区域协同模式（分片包干模式）。由政府主导、部门牵头，使市、县（市、区）二级以上医院与所属区域内所有基层医疗卫生机构全面建立分工协作机制。在农村，以县级综合医院和中医院为龙头，分片与乡（镇）医疗卫生机构建立分工协作机制，指定1所或几所城市大医院与县级医院建立分工协作机制；在城市，以市辖区为单位，三级综合医院与社区卫生服务中心建立以技术支援为纽带、业务协作、双向转诊的分工协作机制。
4、深化对口支援模式。执行政府指令性安排，以城市公立大医院对口支援城乡基层医疗卫生机构和医务人员晋升职称前到城乡基层医疗卫生机构工作的制度为平台，深化对口支援关系，拓展对口支援内容，以技术、管理、服务为纽带，使城市公立大医院与县级医院、城市社区卫生服务中心和乡镇卫生院建立起长期、稳定的协作关系，实施双向转诊制度，方便群众就医。
5、积极探索分工协作机制的其他有效形式。各地应从实际出发，积极探索城市公立大医院、县级综合医院按照“合作不合并，合作要紧密”原则，采取签订长期合作协议等多种形式，与基层医疗卫生机构之间建立长期稳定的分工协作机制。
三、完善分工协作机制相关政策和制度
6、完善医保政策。充分发挥医保付费方式在引导和监管医疗服务行为上的机制效应，积极探索按人头、按病种、按总额预付等多种支付方式，调动医疗机构和医务人员积极性。提高基层就诊医保报销比例，与城市三级医院之间保持合理差距。引导参保人员充分利用基层医疗卫生服务，促进基层医疗卫生机构和医院双向转诊制度的建立和发展。
