上海综保区的发展也面临压力和挑战：一是随着开放的扩大，以及全国特殊监管区布局铺开与整合发展，特殊监管区依靠政策优惠吸引投资的作用进一步被弱化。二是综保区功能创新涉及多部门协调推进和配套政策深化难度加大，涉及行业管理体制和监管流程机制等深层次改革的制约依然突出。三是洋山保税港区和浦东机场综合保税区相距中心城区较远，基础设施和服务配套建设欠账比较多，企业交通运输成本相对较高，区域周边辅助性业务设施，如集装箱提箱还箱场点缺乏，区域生活配套滞后，企业运作成本相对较高，影响区域发展竞争力的提升。
三、指导思想、发展主线和基本原则
（一）指导思想
以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，按照上海市委、市政府和浦东新区区委、区政府的发展战略和部署，全力推进创新驱动、转型发展，以“功能创新、联动发展”为主线，以需求导向、项目导向、问题导向为指导，不断深化先行先试，率先实行转型升级，充分发挥上海综保区作为浦东开放二次创业突破口的作用，使上海综保区成为上海国际航运中心建设核心功能区、国际贸易中心建设重要载体和国际金融中心建设重要突破点，成为上海“四个中心”建设的前沿阵地和突破口。
（二）发展主线
以“功能创新”和“区域联动”为发展主线，是上海率先转变发展方式、推进“四个中心”建设和浦东二次创业、二次跨越对综保区发展的要求，也是综管委贯彻市委、市政府“坚持创新驱动、转型发展道路”，体现浦东新区“率先加快转变经济发展方式，进一步提升国际竞争力”的工作着力点。
上海综保区发展是一个充满探索创新和先行先试的历程。从我国第一个保税区、第一个保税物流园区、第一个保税港区到实行 “三区”统一管理；从最早建立融内贸和外贸一体的保税交易市场平台，到其后培育形成国内第一批体现现代物流理念的保税区零部件分拨中心，再到近期国际贸易结算中心、融资租赁、期货保税交割等功能项目试点。上海综保区领先成长的动力来自创新试验，综保区做强做大的优势基于联动发展。
“十二五”期间上海综保区创新发展是全方位的。功能创新是重点，但创新的任务不限于政策功能业务领域。产业模式创新、开发体制创新、监管流程创新、政府服务创新等都是创新发展的重要方面。区域联动发展是循序渐进的，从强化“三区联动”着手，确保实现“三区”均衡和快速发展；深化推进“区港联动”、“区港一体化”发展，创造条件推进综保区与周边新城区、产业园区和周边城镇的联动，扩大“三区”开发服务联动，推进开发资源的协同与整合。
（三）基本原则
上海综保区“十二五”时期的发展要把握以下原则：
坚持功能创新与基础开发相结合。由于“三区”处在功能发展的不同阶段，因此，“十二五”期间综保区要一手抓功能创新，一手抓基础开发，以二者的相互促进来推进综保区的发展。
坚持转变方式与保持发展速度相结合。以经济结构调整和发展方式转变为突破口，坚持在创新驱动、转型发展的过程中保持较快的发展速度，以保质保量的经济规模和增长速度为上海市的经济发展作出实质性贡献。
坚持“三区”联动与塑造各区特色相结合。“十二五”期间一方面要大力推进区域联动和功能政策互补，另一方面要在各区的目标体系、政策需求和产业重点中实行差别兼顾、错位发展、多点突破的战略，从而确保综保区的转型升级。
四、战略定位与发展目标
（一）战略定位和目标
“十二五”期间，上海“四个中心”建设和浦东二次创业发展赋予综保区特殊而重大的使命。上海综保区“十二五”发展要以国际航运发展综合试验区和国际贸易示范区建设为推进抓手，坚持创新发展和区域联动，努力成为上海“四个中心”建设的前沿阵地和突破口，成为浦东开发开放二次创业和综合配套改革的创新窗口，有力发挥上海综保区作为上海国际航运中心建设核心功能区、上海国际贸易中心建设重要载体和上海国际金融中心建设重要突破点的作用，为提升上海世界级城市的国际竞争力和服务长三角地区的发展做出重要贡献。
--探索扩大航运服务对外开放试验，打造高端航运服务集聚基地和船舶保税注册登记试点平台、我国最具效率的现代化口岸物流和保税物流网络的核心节点、海运空运国际货物和出口货物保税集拼中转基地、亚太地区重要的国际采购、分拨配送和供应链管理中心。
--集中发展以新型国际贸易业务为核心、货物贸易和服务贸易并重的跨国公司总部经济集聚区和亚太地区（全球）国际贸易链集成区，打造国内最具竞争力的进口贸易和进口贸易服务基地、高附加值产品进口的重要集散地、大宗国际商品净价交易服务基地、大型综合性国际贸易企业孵化基地。
