在调查摸底的基础上，各有关单位要对报送的收费公路专项摸底调查表及相关批复文件、整改方案、收费公路地方性法规、规范性文件等材料进行审核，必要时组织人员实地进行调查核实。
对审核发现弄虚作假、敷衍塞责等行为的单位，视情节予以通报批评并责令限期整改；情节严重的，依法追究相关人员的责任。并督促其重新上报整改方案直至满足相关要求后，再转入整改落实阶段。
（三）第三阶段，检查复核阶段（2011年12月1日--2012年1月31日）
各单位要认真准备整改方案落实、收费站（点）撤并、收费设施拆除、人员分流、公路养护等有关工作以迎接省领导组进行督导、检查和验收。对清理工作不到位、不能按时完成整改工作的单位，视情节予以通报批评并责令限期整改；情节严重的，依法追究相关人员的责任。
除特殊情况不能按时完成整改工作、报经省领导组批准可以延期外，各有关单位原则上应于12月15日前完成本单位收费站点撤并、收费期限调整申请上报工作。
（四）第四阶段，总结完善阶段（2012年2月1日--5月31日）
各有关单位要认真总结本单位专项清理工作情况，并于2012年3月20日前将本单位专项清理工作总结等有关情况报至省领导组。
五、相关要求
（一）加强领导，提高认识。清理公路超期收费等违规及不合理收费是中央纪委和国务院部署的2011年全国治乱减负的重要内容，也是促进公路交通事业健康持续发展的重要措施。各有关单位要充分认识专项清理工作的重要性和紧迫性，从服务经济社会发展大局、保障和改善民生、促进和谐社会建设的高度出发，以对人民高度负责的态度，高度重视，精心策划，密切配合，齐抓共管，采取有力措施，切实解决人民群众反映的突出问题，高质量、高效率地组织好此次专项清理工作。
（二）精心组织，落实责任。市领导组负责统一组织、指导和协调全市收费公路专项清理工作。领导组下设办公室，办公室设在市交通运输局。有关部门要各司其职，密切配合，共同开展工作。
各有关单位重点负责本单位管理（引资）的收费公路专项清理工作的报表填报及资料审核工作，负责对审核发现的各类违规及不合理收费行为、收费项目及收费站（点）提出具体的整改方案，负责整改方案的具体落实，负责取消收费的相关稳定工作。
各有关单位编制的整改方案内容应主要包括：违规及不合理收费行为、收费项目及收费站（点）存在问题的具体表现、整改时间进度安排、责任人、整改措施、保障措施等。
（三）有序推进，保持稳定。各有关单位要充分认识专项清理工作的复杂性和艰巨性，严格按照《
收费公路管理条例》、《
收费公路权益转让办法》等现有法规规定和本方案明确的范围和要求，依法依规组织开展专项清理工作，把做好专项清理工作与维护正常公路收费秩序结合起来，精心组织，周密部署，确保专项清理工作平稳顺利实施并取得实际成效。
