五、严格执行新农合基金财务会计制度
新农合基金实行收支两条线管理，专款专用，不得用于参合人员医药费用补偿以外的任何支出，不得用于任何形式的投资。要加强基金收支预算管理，按年度编制新农合基金预算，建立基金运行分析和风险预警制度，防范基金风险，提高使用效率。要规范票据管理、现金管理和资金划拨流程。
农民个人缴费应当及时缴入财政专户，不具备直接缴入财政专户条件的统筹地区，经办机构可在财政部门和卫生行政部门认定的国有或国有控股商业银行设立收入户，但一个统筹地区至多开设一个收入户，并按期将收入户存款及利息汇缴财政专户，不得发生其他支付业务。收入户月末无余额。
新农合财政专户及支出户产生的利息收入要直接计入或定期转入新农合财政专户。各统筹地区设立新农合收入户、支出户要报省级财政、卫生部门登记备案。
要健全新农合基金的内部审计和督导检查制度。财政、卫生部门和新农合经办机构要定期与开户银行对账，保证账账相符、账款相符。各统筹地区要重视发挥审计作用，定期邀请审计部门或会计师事务所开展新农合审计工作，强化外部监管。
六、规范新农合经办机构内部监督制约机制
要建立起有效的管理经办制约机制，各统筹地区要制定工作计划，在限定的期限内，将乡镇一级的新农合管理经办与乡镇卫生院的医疗服务相分离。实行县级经办机构向乡镇派驻经办审核人员的做法，通过异地任职、交叉任职等形式，确保经办人员的独立性。
新农合经办机构应当规范设置会计、出纳、审核、复核、信息统计、稽查等岗位，并明确职责分工。会计、出纳、审核不得互相兼任，审核和复核不能由一人完成，不得由一人办理基金支付的全过程。
要规范审核流程，采取网络实时审核与费用清单事后审核双重措施，对病人、病历、处方、收费的真实性、一致性、合理性进行综合审核并定期复核。严格票据审核，必须使用就诊票据原件报销。建立健全稽查制度，通过电话查询、入户回访等方式，对参合患者尤其是异地就医或发生大额医疗费用的参合患者进行跟踪核查。经办机构及其工作人员不得擅自变更支付项目、扩大报销范围、降低或提高补偿标准，严禁虚列支出、提取或变相提取管理费。
定期开展培训，提高经办机构经办能力和管理水平。加强对经办机构的绩效考核，将组织机构设置、财务会计管理、审核报销程序、稽查监管、公示落实、档案管理、信访受理等纳入考核范围，奖优罚劣，调动经办人员积极性。
