新农合基金主要用于建立大病统筹基金、门诊统筹基金（含一般诊疗费支付资金）和风险基金。原则上门诊统筹基金分配比例不得超过基金总额的30%，大病统筹基金分配比例不得低于基金总额的70%。
统筹基金累计结余一般应不超过当年筹集的统筹基金总额的25%（含风险基金），其中当年统筹基金结余一般应不超过当年筹集的统筹基金总额的15%（含风险基金）。
（二）住院补偿
1.合理设置起付线和补偿比。按医院所在地设置起付线和补偿比，具体补偿标准如下：
所在地
| 医院范围
| 起付线（元）
| 补偿比例（%）
|
苏木乡镇
| 苏木乡镇卫生院
| 100
| 90
|
旗县
| 二级以下医院（含二级）
| 400-500
| 80
|
盟市
| Ⅰ类
| 二级以下医院（含二级）
| 600-800
| 70
|
Ⅱ类
| 三级医院
| 1500-2000
| 65
|
自治区外三级医院
| 2000-3000
| 50
|
